1991 рік, коли на місці СРСР були утворені незалежні держави, став певною мірою переломним і для наукових розробок, присвячених трипільській культурі. На початку 90-х рр. було припинено не лише бюджетне фінансування польових археологічних досліджень, але й наукових видань. Залишилося лише фінансування планових тем, результати виконання яких в більшості лишаються неопублікованими.
Дослідники публікували переважно проміжні результати у вигляді тез доповідей на різноманітних конференціях та окремі статті. Лише в останні роки стали з'являтися монографічні видання, переважно за рахунок спонсорських коштів та грантів.
Найбільш плідними дев'яності роки виявилися для наукового опрацювання й узагальнення вже наявних джерел. Слід зазначити, що в це десятиріччя наукові теми по трипільській культурі, які розробляли співробітники відділу ІА НАНУ, досить вдало доповнювали одна одну і ставали ніби трампліном для дальших досліджень.
В одній з них вивчалися проблеми хронології та періодизації Трипілля. Завдяки отриманню нових пакетів С14 (радіовуглецевих) дат і застосуванню сучасних комп'ютерних програм для їх обробки та аналізу вдалося вирішити кілька важливих питань. Було суттєво уточнено календарний вік трипільської культури та загальний період її існування. Завдяки цьому з'явилася можливість визначити хронологічну позицію зазначеної культури у давній історії Європи та навколишніх територій. Фактично створено нову абсолютну шкалу для трипільської культури, яка ґрунтується на понад 80 С14 визначеннях, отриманих за найсучаснішими методиками, розробленими у Київській лабораторії. Ця проблема потребує дальшого аналізу, однак, на думку фахівців, нові дати слід вважати більш достовірними.
Результати розробок щодо абсолютної хронології трипільської культури були опубліковані в ряді наукових статей Н. Б. Бурдо, М. Ю. Відейка, В. О. Круца та ін., в тому числі у 7-му томі Baltic-Pontic Studies. Крім того, було підготовлено ілюстрований каталог С14 та архео-магнітних дат, який включає понад 200 визначень та опис комплексів, з яких вони походять (Н. Б. Бурдо, М. Ю. Відейко). На жаль, він досі не виданий через брак коштів.
Виходили друком нові видання, серед них монографія О. Г. Колесні-кова (Корвіна-Піотровського), присвячена трипільському суспільству Середнього Подніпров'я. На підставі аналізу археологічних даних (матеріалів з розкопок поселень та могильників) було запропоновано реконструкцію статево-вікового поділу суспільства, а також суспільних підрозділів, включно з іх палеодемографічними характе ристиками. Вказана праця для трипільської проблематики лишається поки що першим і єдиним дослідженням такого роду.
В узагальнюючих статтях О. В. Цвек була розроблена обґрунтована концепція східнотри-пільської культури, процес її формування, періодизації, зв'язків. До складу східнотрипільської культури було включено пам'ятки етапів від ВІ до ВІІ (а для Подніпров'я – і СІ) між Південним Бугом та Дніпром. Вперше після виділення усатовської культури було зроблено спробу визначити, як особливе етнокультурне утворення, цю частину трипільського регіону. На початок 90- х рр. кількість виділених варіантів і типів, груп трипільської культури (рахуючи для всіх етапів її існування) перевалила за 30. Розуміння суті цих типів і груп серед дослідників іноді є досить відмінним. В своїх працях Т. Г. Мовша ще з 70-х рр. пропонувала виділити окремі культури – то-машівську, жванецьку, косенівську та ін., подібно до того, як це було свого часу зроблено для пам'яток етапу СІІ Трипілля.
