Періодизація археологічних пам'яток дає змогу впорядковувати отримані матеріали, зіставляти окремі комплекси – поселення, поховальні пам'ятки, а також різні археологічні культури. Найнадійнішим для розробки періодизації та відносної хронології вважається стратиграфічний метод, який базується на спостереженні порядку залягання культурних шарів на поселеннях або поховань у курганах та ґрунтових могильниках. Багатошарові поселення відомі для давньоземлеробськоі цивілізації Трипілля-Кукутень, переважно на території Румунії – Куку-тень, Ізвоар, Подурь-Дялул-Гіндару та ін. На теренах України таких пам'яток небагато. Найвідомішим є поселення Поливанів Яр, де просте-жено 5 горизонтів. Три горизонти було виявлено у печері Вертеба, по кілька шарів трипільської культури мають поселення Незвисько, Біль-шівці та ін.
Культура Трипілля-Кукутень, з огляду на тривалий час її існування, значне поширення, широкі зв'язки та ступінь вивченості, займає особливе місце у розробці питань синхронізації, періодизації та хронології більшості пам'яток мідного віку в Україні та за її межами. Нині використовуються дві схеми періодизації культури Трипілля-Кукутень, розроблені на підставі стратиграфічних даних, а також типологічного, стилістичного та статистичного аналізу керамічних комплексів багатьох поселень, які було досліджено на території Румунії, Молдови та України.
Щодо трипільської культури в Україні дослідники застосовують насамперед періодизацію, розроблену Т. С. Пассек ще в 30-ті роки ХХ ст., а вдосконалену пізніше – у 1949 р.3 Відповідно до неї виділено три періоди існування трипільської культури: ранній (А), середній (В) та пізній (С). Усередині періодів виокремлено етапи. Період В розділено на етапи ВI, ВII. Перiод С – на етапи СI та СII.
Для території Румунії періодизація (стосовно культури Кукутені) була розроблена Г. Шмідтом, а вдосконалено В. Думітреску та іншими дослідниками. Виділено періоди Кукутень А (з фазами А1, А2, А3, А4) , Кукутень А-В (фази А-В1 та А-В2) , Кукутень В (фази В1, В2, В3).
В її основу покладена стратиграфія поселень, насамперед Ізвоара, та типологія мальованого посуду. Пам'ятки, що становлять основу культури Кукутень і відповідають Трипіллю А, виділено в культуру Прекукутень (Докукутень), розділену в свою чергу та три фази – І, ІІ, ІІІ. В окрему культуру Городіштя-Фолтешть виділено найпізніші пам'ятки, які відповідають пізньо-трипільським (етап СІІ).
За час, що минув після виходу в 1949 р. праці Т. С. Пассек, присвяченої періодизації поселень трипільської культури, до схеми періодизації іншими дослідниками було внесено деякі зміни та доповнення. Не всі з них були прийняті більшістю науковців, лише окремі зміни почали використовувати досить широко.
Так, було визнано виділений Н. М. Виноградовою етап ВІ-ІІ, перехідний між етапами ВІ і ВІІ середнього періоду трипільської культури. Крім того, до пізнього періоду почали зараховувати лише етап СІІ2, майже вийшло з ужитку застосування для південної зони поширення трипільської культури позначення відповідних етапів літерою «у». Тому етапи уІ, уІІ у багатьох сучасних працях позначені відповідно як СІ, СІІ.
Згадані періодизаційні схеми дозволяють, як правило, встановити положення конкретних пам'яток у найбільш загальних рисах. На практиці виникла потреба у детальнішій періодизації, адже з'ясувалося, що жодне з поселень не існувало упродовж навіть частини етапу. Тому для більш точного визначення місця певних комплексів у системі періодизації археологи іноді вживають вирази типу «кінець етапу ВІІ», «перехід від ВІІ до СІ» (іноді «етап ВІІ СІ») або «початок СІ» тощо.
Останнім часом археологи виділяють також окремі типи пам'яток, фази розвитку, що дозволяє більш точно визначити послідовність певних комплексів у межах окремого регіону поширення культури Трипілля-Кукутень. Так, К. К. Черниш запропонувала розмежувати Трипілля на 24 горизонти (шість для раннього, сім для середнього та одинадцять для пізнього періодів періодизації Т. С. Пассек).
