Перший етап – кінець ХІХ – початок ХХ ст., коли були відкриті та осмислені перші трипільськи пам'ятки. На цьому етапі майже всі фахівці, які їх вивчали, висловлювали певні міркування про те, як потрапила у Подніпров'я та на Поділля культура з мальованим посудом.
У своїй доповіді на ХІ Археологічному з'їзді 16 серпня 1899 р. В. В. Хвойка зупинився на питанні походження трипільської культури. Він висловив досить оригінальну думку, нині майже забуту. Йшлося про те, що простір, зайнятий нині Егейським та Мармуровим морями, свого часу, а саме в дольодовикову епоху, являв собою сукупність чудових долин, з багатьма річками та височинами, вкритими лісом. Клімат був чудовий, сприяв зосередженню населення.
Саме тут слід шукати прабатьківщину "довгоголового племені" (в іншому місці названого "арійським народом"), яке через утворення Егейського моря мусило шукати іншого місця для проживання – зокрема між Карпатами та на південному заході Росії. Саме в цих краях воно знайшлио собі нову батьківщину, і з ним слід пов'язувати відкриті на Дніпрі старожитності. Водночас В. В. Хвойка вважав ці племена автохтонними мешканцями Середнього Подніпров'я, але вказував також на їх зв'язок з чужоземними народами, від яких потрапляли мідь та розписний посуд.
Зауважимо, що думка Хвойки В. В. про поховану на дні морів прабатьківщину трипільців є досить співзвучною популярній нині теорії "Чорноморського Потопу", який затопив шельф Чорного моря внаслідок прориву води із моря Середземного. Датують цю подію біля 6700 рр. до н.е (попередня дата біля 5600 рр. до н.е). В результаті катастрофи під водою дійсно опинилася величезна територія, на якій могли проживати носії давніх, можливо найдавніших в цьому регіоні хліборобських культур. Їх міграція могла стати одним з факторів поширення відтворюваль-ної економіки на території Європи, у тому числі України. З огляду на нову дату Чорноморського Потопу бачимо, що він відбувся за тисячу з лишком років до формування трипільської археологічної культури і на час її виникнення мав перетворитися на легендарну подію.
Наукова ерудиція Е. Р. фон Штерна дозволила йому зіставити трипільські знахідки з матеріалами Південно-Східної Європи. Пам'ятки Дністро-Дніпровського басейну він включив до кола культур Середземномор'я та Подунав'я, простежив шлях мальованого посуду на теренах від Дунаю на сході до Дніпра, а трипільську культуру вважав частиною великої культурної області від Десни та Дніпра до Дністра та Дунаю на заході, а на півдні – до Фессалії6.
На східному походженні трипільської культури наполягав Спіцин О. А., порівнюючі її мальований посуд їз закаспійськими матеріалами Анау. На його думку, "Высокоразвитая культура киевских площадок – восточная, именно малоазиатская". Такої ж думки дотримувався і В. О. Городцов. М. Ф. Біляшівський вважав, що трипільська культура "проникла с юга через Эгейское и Мраморное моря с берегов Малой Азии или через Средиземное море из Финикии или Египта и в расписной керамике чувствуется больше всего влияние Востока.
М. С. Грушевський, розглядаючи на початку ХХ ст. питання про «вихідну точку» трипільської людності, проаналізував усі наявні на той час думки фахівців і дійшов висновку, що остаточно розв'язати зазначене питання було б передчасно. Цей етап в історіографії з проблеми походження Трипілля В. М. Даниленко характеризував як такий, що породив гіпотези, які «носили умозрительный характер».
