Перехід до більш конкретного вивчення проблеми походження трипільської культури став можливим вже на наступному етапі – наприкінці 40-х та у 50-ті роки ХХ ст., коли почали видавати матеріали досліджень найдавніших поселень культури Прекукутень в Румунії. У Молдові В. І. Маркевичем було відкрито поселення у Флорештах, С. М. Бібіковим, К. К. Черниш, Пас-сек Т. С. – проведені дослідження кількох ранньотрипільських поселень на Дністрі, а В. М. Даниленком та М. Л. Макаревичем – трипільських поселень, а також пам'яток неолі-тичной буго-дністровської культури – на Південному Бузі. У методичному плані відбулося розвінчання стадіальної теорії М. Я. Марра. З того часу вона стала називатися «вульгарно-марксистською», тепер автохтонізм вже не мав бути єдиною теорією у радянській історичній науці.
Наприкінці 40-х років до проблеми генези Трипілля звернувся В. М. Даниленко. Дослідник присвятив багато сторінок докладній аргументації своєї ідеї про те, що саме буго-дністровська неолітична культура була субстратом трипільської культури. У 1946 р. В. М. Дани-ленко висунув гіпотезу, відповідно до якої: «В основе трипольской культу-ры лежит местная рыболовческая культура с гребенчатой керамикой, связанная в хозяйственно-историчес-ком аспекте с... культурой Боян А»; «древнейшая трипольская культура сначала локализовалась в юго-западной части ее территории»; «...было сформулировано три поло-жения: а) отсутствие генетической связи между трипольской культурой и культурой линейно-ленточной керамики; б) наличие в основе Триполья местного неолита, взаимодействовавшего с южнодунайскими культурами и постепенно видоиз-менявшегося в трипольскую; в) рассмотрение дунайской (линейно-ленточной керамики) культуры, с одной стороны, а Триполья и «Бояна», с другой, как генетически независимых явлений». Обгрунтування гіпотези про походження Трипілля на основі буго-дністровської неолітичної культури В. М. Даниленком простежується у його працях 60–70-х р.р.
Для фундаментального дослідження Т. С. Пассек, «Периодизация трипольских поселений» яке вийшло друком у 1949 р., характерні грун-товне подання багатьох матеріалів про зв'язок трипільської культури з культурами Балкано-Дунайського басейну і висновок, що «…вопрос о возникновении трипольских племен следует рассматривать на фоне общего процесса развития энеоли-тических культур в Дунайско-Днепровском бассейне, где складывалась в III тыс. до н. э. культура земледельческих племен, получившая в одной из своих частей наименование трипольской». З тексту монографії Т. С. Пассек очевидно, що вона була змушена підтримувати пануючу стадіальну теорію, через що й приєдналася до твердження Є. Ю. Кричевського про генетичний зв'язок Трипілля з культурою лінійно-стрічкової кераміки: «…предполо-жение, что Триполье в своей значительной части есть лишь результат дальнейшего развития неолитических племен с линейно-ленточной керамикой, представляется в настоящее время наиболее вероятным».
У 1953 р., вже в епоху розвінчання марризму, вийшла друком монографія С. М. Бібікова «Ранне-трипольское поселение Лука-Вруб-левецкая», у який автор провів спеціальну розвідку щодо проблеми походження трипільської культури. С. М. Бібіков грунтовно доводить належність трипільської культури до кола землеробського населення Балкан та Середземномор'я. Але і він, віддаючи данину пануючому в СРСР автохтонізму, доводив існування місцевого (пізньопалеолітичного !) населення, яке сприйняло південні прогресивні впливи з Балкано-Дунайського регіону: «…трипольская культура Днестро-Днепровского междуречья является результатом ассимиляции местных охотничьих племен пришлыми племенами южного ареала.
На ранних этапах Три-полья еще прослеживаются местные элементы культуры, вошедшие в Триполье и выражающиеся в сохранении значительной роли охоты в хозяйстве, в формах домостроительства, в архаических приемах обработки кремня.
Земледелие, скотоводство, керамическое производство, использование меди составляют те элементы культуры, которые были принесены на юго-восток Европы племенами южного ареала»3. Варто зупинитися на аналізі згаданих тут «місцевих елементів». Мисливство у господарстві деяких трипільських поселень продовжує відігравати важливу роль вже тоді, коли пізньотрипільська культура належать до доби ранньої бронзи, а на деяких поселеннях відсоток кісток диких тварин сягає 80 %4.
У той же час відомо, що населення «південних» землеробських культур також займалося мисливством. Отже, значний рівень розвитку мисливства на певних трипільських поселеннях можна вважати фактом, який свідчить про відповідну пристосованість трипільців до місцевих особливостей і якнайповніше використання усіх доступних ресурсів, а не про пережиток, успадкований від населення палеолітичних тубільців - мисливців.
Що ж до форм домобудування Луки-Врублевецької – землянок, то немає ніякого сенсу виводити їх з палеоліту, бо й досі не зафіксовано жодного реального випадку існування заглиблених жител під час розкопок палеолітичних стоянок. З іншого боку, для таких культур Балкано-Дунайського басейну, як Боян, Хаманджия, Криш, типовими є саме заглиблені в землю житла.
Доволі суб'єктивною є думка про архаїчні прийоми обробки кременю. Такий висновок, можливо, виник у зв'язку з обмеженістю джерелознавчої бази, яка була на той момент у розпорядженні фахівців. Наприклад вістря дротика з Луки-Врублевецької виконано у техніці стру-меневої ретуші, типової для Трипілля В-І. Важливим досягненням С. М. Бібікова є докладна розробка генетичних зв'язків ранньотрипільського населення з культурами Балкано-Дунайського регіону і розгляд цього процесу у контексті історичного розвитку землеробських суспільств Середземномор'я. У 50-ті роки І. К. Свєшніков, вивчаючи культуру лінійно-стрічкової кераміки у Подністров'ї та на Волині, дійшов висновку про можливість послідовного існування її нотної фази та Трипілля А на теренах України. Він припускав, що, можливо, з культури лінійно-стрічкової кераміки виникала трипільська культура.
У 1955 р. в авторефераті кандидатської дисертації К. К. Черниш при вивченні матеріалів ранньотри-пільського поселення Ленківці на Середньому Дністрі дійшла висновку про те, що трипільська культура належить до «…одного из вариантов древнейшей земледельческой куль-туры, распространенной на территории Балканского п-ва, в нижнем Подунавье, в Поднестровье, в По-бужье»7. К. К. Черниш не підтримала гіпотезу про генетичний зв'язок Трипілля та культури лінійно-стрічкової кераміки, оскільки вона вважала ці культури певною мірою синхронними. У той же час вона посилалася на матеріали неолітичних поселень, щойно відкритих на Південному Бузі, як на пам'ятки місцевого неоліту, з яким може буте пов'язане походження Трипілля.
У середині 50-х років починаються розкопки Т. С. Пассек поселення Флорешти в Молдові. Тут шар культури лінійно-стрічкової кераміки залягав під матеріалами, які дослідниця віднесла до пізньонеолітичної культури Боян. Це дало змогу зробити висновок про важливу роль боянських елементів у формуванні ранньотрипільської культури: «Культура раннетрипольских племен в Днестровском бассейне возникает на местной неолитической основе культуры типа Боян-Джулешты.
