Навколо результатів розкопок В. В. Хвойки розгортається наукова дискусія. До неї приєднується відомий археолог В. О. Городцов, котрий присвятив окрему працю залишкам трипільських «площадок», які, на його думку, були рештками давніх жител4. Праці В. В. Хвойки та фон Штерна привернули увагу археологічних товариств Російської імперії. Імператорська археологічна комісія доручила відомому археологу О. А. Спіцину провести розкопки в Колодистому (Черкащина), де перед тим В. М. Доманицький відкрив трипільські площадки.
У 1900 р. у Колодистому працював також М. Ф. Біляшівський6, розкопки велися на високому методичному рівні, з ретельною фіксацією у польовій документації. Він висловив думку, що трипільські площадки не рештки – поховального ритуалу, а залишки долівок від жител. Розкопки трипільського поселення та курганів біля с. Колодисте провів О. А. Спіцин, який вживав методику досліджень траншеями різної ширини. Він також вважав площадки рештками жител7. Фотознімки, зроблені під час зазначених розкопок, – можливо, перші фотографії решток жител трипільської культури, – були опубліковані Ф. К. Вовком. 1901 р. було відкрите поселення біля с. Борисівка на Вінничині, яке досліджувалось 1904–1905 рр. Біляшівським М. Ф.
На той час це було одне з самих ранніх поселень трипільської культури, на яких проводилися розкопки1. У 1906–07 рр. М. Якимович досліджує пам'ятку з мальованим посудом в с. Стара Буда. Він розкопав залишки кількох жител. Частина колекції кераміки нині зберігається в Державному Ермітажі у Санкт-Петербурзі. С. С. Гамченко у 1909–13 рр. проводив розкопки на Поділлі, під час яких виявив чимало нових пам'яток трипільської культури. Московське археологічне товариство у 1909 р виділяє В. В. Хвойці гроші на розкопки поселень трипільської культури біля с. Крутобородинці.
Під час цих досліджень було виявлено трипільські пам'ятки різного часу, в тому числі з керамікою із поліхромним розписом. Найвідомішою знахідкою з цих розкопок стала велика посудина із мальованим зображенням «процесії» тварин, яка зберігалася в Державному історичному музеї у Москві. Цікаві розкопки у 1911 р. провів під Уманню М. Гімнер, який дослідив великі площі на поселеннях Пеньожкове та Попудня, що представляли різні фази розвитку трипільської культури в цьому районі. Окрасою колекції були дві глиняні моделі трипільського житла – чи не перша знахідка такого типу.
Нині матеріали з розкопок М. Гімнера зберігаються у Національному археологічному музеї у Варшаві. Військовий льотчик, капрал Маріан Гімнер загинув в роки Першої світової війни, однак опрацьовані ним колекції вийшли друком у Польщі 1933 р.3 Прекрасно ілюстроване видання дає змогу відтворити весь процес розкопок та побачити фотографії великої кількості чудових знахідок. Цікаво, що згадана публікація до початку ХХІ ст. лишалась єдиним (!) монографічним виданням, де було опубліковано матеріали з розкопок поселень-гігантів трипільської культури.
У 1916 р. в районі Умані, під Сушківкою, провела перші розкопки співробітниця В. В. Хвойки Валерія Козловська, перша жінка-археолог, яка зайнялася вивченням трипільської культури. Крім мальованого посуду та антропоморфної пластики, їй також пощастило знайти глиняну модель трипільської «хатки», де з усіма подробицями було показано інтер'єр житлового приміщення, а також жінку, яка меле зерно.
Нині більшість цих знахідок зберігається в Національному музеї історії України. Вже в той час досліджуванi на Поділлі та Черкащині пам'ятки було визнано за особливий тип трипiль-ської культури, основною відмiннiстю якого була наявнiсть значної кiлькостi розписного посуду. Матерiали з цих розкопок довгий час залишалися чи не єдиним джерелом для вивчення трипiльської культури у Буго-Днiпровському межирiччi. Особливо відомими як в Україні, так і за її межами стали знахідки глиняних моделей трипільських жител.
