Друга світова війна перервала археологічні розкопки. Спочатку на території Польщі. У вересні 1939 р. радянські війська увійшли на землі Західної України. Частина археологіів, які до того працювали в музеях Львова, унгверситеті, продовжили свою наукову працю. Було припинено діяльність НТШ. У Львові відбулася реорганізації! музеїв шляхом націоналізації приватних колекції! та фондів установ, які працювали раніше, та передачі їх до державного історичного музею.
Драматичною була доля археологіів та їхніх знахідок на території Радянської України, куди війна прийшла в червні 1941 року. Загинув 1944 р. у німецькому концтаборі О. Кандиба. Під час евакуації з Ленінграда потрапив під бомбардування і загинув Є. Ю. Кричевсь-кий. У квартиру М.Ф. Болтенка в Одесі попала авіабомба, на щастя, його самого вдома не було, загинули архів та бібліотека вченого. Залишилися на тимчасово окупованій території і опинилися після війни на Заході Б. П. Безвенглинський, В. Є. Козловська, Н. Л. Кордиш та П. П. Куршний.
Не без участі останнього у вересні жовтні 1943 р. під егідою такої сумнозвісної організації було спаковано та відправлено до Німеччини трипільські колекції з Уманського краєзнавчого музею (близько 2 100 одиниць зберігання) та музеїв Києва. П. П. Курінний вважав, що рятує тим самим безцінні археологічні скарби від більшовиків. Але в результаті чимало було втрачено назавжди або депаспартизовано. Зазнали значних втрат також і наукові бібліотеки музеїв та інших установ, більшість яких не була евакуйована.
Було зроблено спробу вивезти до Румунiї колекцiї Одеського археологiчного музею. Частина цих речей повернута до музеїв, деякі – зникли без сліду. Одеським колекціям, наприклад, відносно пощастило – вони повернуті власникові, хоча й у дуже пошкодженому вигляді (знахідки Штерна з Петрен і досі здебільшого чекають на реставрацію), однак частина речей з Усатового зникла.
Те, що було повернуто після війни, не завжди потрапляло до колишніх місць зберігання. Так, експонати з Уманського краєзнавчого музею нині виставлені в Національному музеї історії України. Серед них – відома модель житла, посуд і статуетки з поселення Володими-рівка. Однак значна частина чекає на реставрацію у сховищах музею.
Археологічними раритетами під час війни цікавилися не лише згадане вище відомство А. Розенберга, але й прості солдати рейху. Наприклад, в університеті міста Йєна (ФРН) досі зберігаються фрагменти мальованого посуду з шифрами розкопок у Володимирівці 1939–40 р., передані туди професором Г. Нойманом.
Через трипiльськi пам'ятки у Поднiпров'ї пролягли укрiплення «Схiдного валу». Траншеї, блiндажi пройшли через поселення в Гребенях, воронки вiд авiабомб та снарядiв перетворили на порох поселення на Букринському плацдармi пiд Григорівкою та Ржищевом. Протитанковий рiв, сліди якого добре помітні й досі, перетнув десятки жител у Володимирiвцi. У знаменитій печері Вертеба з її фантастичними трипільськими знахідками отаборилися бійці УПА, та навколо неї точилися запеклі бої, було підірвано всі входи.
По війні, коли відбудовували домівки жителі Більча-Золотого, котловани для видобутку глини влаштували біля палацу, в парку. Саме там, де розташовувалося відоме поселення трипільської культури. Так культурний шар поселення мідного віку перетворили на будівельний матеріал.
